2012年5月，根据福建省教育厅下发《关于开展高职院校专业建设质量评价工作的通知》（闽高教〔2012〕74号），我省正式启动了高职院校专业建设质量评价工作。
本轮评估共四批，我校参评专业共计49个。 2012年6月，第一批我校参评的共有工程监理等4个专业；2012年10月，第二批我校参评的共有模具设计与制造等17个专业；2013年3月，第三批我校参评的有计算机应用技术等8个专业；2013年6月，第四批我校参评的有道路桥梁工程技术等20个专业。
我校排名第一的专业为：汽车检测与维修技术、道路桥梁工程技术、航海技术、轮机工程技术、汽车技术服务与营销、船舶工程技术、报关与国际货运、汽车电子技术、汽车整形技术、汽车运用技术、工程机械运用与维护、城市轨道交通工程技术、国际航运业务管理、海事管理、港口物流设备与自动控制、集装箱运输管理、港口工程技术、管道工程技术等18个。
排名二、三名的专业为：工业分析与检验、计算机应用技术、计算机网络技术、 网络系统管理、软件技术、图形图像制作、机电一体化技术、物流管理、电气自动化技术、计算机控制技术、连锁经营管理等11个。