轮机工程系自1982年，伴随着马尾商船学校的创建、变迁和发展，到现在的福建船政交通职业学院，迄今已走过35年的历程。
轮机工程系目前开设的专业有 “轮机工程技术”、“船舶工程技术”、“船舶机械工程技术”、“制冷与空调技术”四个专业。其中“轮机工程技术”是首批国家示范性高职院校重点建设专业，“船舶工程技术”被教育部确认为提升专业服务能力建设专业。
一、人才培养模式与课程体系改革特色鲜明
秉承与坚持船政学堂“前厂后堂”的办学理念，探索不同专业背景下“工学结合、校企合作、多证书、带薪顶岗实习”的人才培养模式，跟踪国际、国内海运业、造船业的发展，实现专业与产业对接、课程内容与职业标准对接、教学过程与生产过程对接、学历证书与职业资格证书对接，将“船舶搬到学校”，将“课堂搬到船上”，从而实现人才培养过程的实境训教，实现毕业与就业“无缝对接”。
1、2012年轮机工程技术专业与南通航运职业技术学院联合，成功申报“高等职业教育轮机工程技术专业教学资源库”建设项目。
2、2012年船舶工程技术专业成功申报中央财政“支持高等职业学校提升专业服务能力”建设项目。
3、拥有四门省级精品课程：船舶辅机（2004年）、船舶结构与设备（2007年）、轮机自动化（2009年）和船舶结构与制图（2011年）。
二、优秀的教学团队
1、“轮机工程技术”专业是首批国家示范性高职院校重点建设专业，2009年通过教育部、财政部的验收。
2、2011年轮机工程技术专业教学团队荣获福建省级教学团队。
3、根据“校企互通、专兼结合、动态组合”的原则，通过培养、引进、聘用等途径，重点加强专业带头人、骨干教师和兼职教师队伍的建设，形成一支“双师”结构、专兼结合的教学团队。
4、轮机长、大管轮、三管轮、高级值班机工、值班机工、海船船员基本安全、精通救生艇筏和救助艇、高级消防、船舶保安、油船和化学品船货物操作基本培训、油船货物操作高级培训和机舱资源管理等培训项目。
5、轮机工程系不仅在师资、专业建设等硬实力上硕果累累，在系部文化、安全建设等软实力上也是成绩斐然。
三、场地广阔设备齐全
各类室内实训场地建筑面积5000平方米，室外实训场地面积10000平方米。建有大型轮机模拟器实训中心、自动化机舱实训中心、船舶主辅机拆装实训基地和船舶机电实训室等各类实训室20多个，拥有 “船政”轮水上实训基地，设施设备总值2000多万。场地设施设备满足《1978年海员培训、发证和值班标准国际公约》2010修正案及《中华人民共和国船员培训管理规则》等相关规定，实现了将“船舶搬到学校”的目标。
四、传统活动的多样化
（一）开展“我心目中的船政”主题比赛，大赛以多样化形式呈现船政文化，开拓学生的视野，培养学生对船政历史的认知，充分体会船政文化的魅力。
（二）为进一步加强校园防火安全，让同学们进一步了解消防安全的重要性，轮机工程系开展消防疏散演练。通过此次模拟疏散活动的开展，不仅有效的增强了师生的消防安全意识，更提高了同学们在遇到火情时的处置应对、与自救能力，为更加筑牢校园安全“防火墙”奠定坚实的基础。
（三）为了丰富大学生的课余文化生活，提高大学生的身体素质，加强各系同学之间的交流，轮机工程系号召同学们积极参加学院举办的篮球联赛。最终获得季军和最佳人气奖。
（四）为了激励同学们培养良好学习习惯和兴趣，树立正确人生目标，轮机工程系开展优秀毕业生分享会。学长的成长和成才经历，大大地激励了同学们的学习热情和拼搏精神。同学们纷纷表示，听完演讲，学习目标更明确了，动力更足了，要以学长为榜样，在今后的学习中勇往直前，勇攀高峰。