建筑工程系自建系以来，一直在稳步发展，从福建交通学院土建系摇身一变成为了建筑工程系。系部为了更好的发展，特设立了多个办公室和多个热门的专业，并且拥有着独立的实训中心（让学生在学习的过程中得到更好的锻炼，也是为了让学生在学完知识之后可以及时动手实践）。现我系开办了5个专业（建筑装饰工程技术专业、房地产经营与估价专业、建筑工程技术专业、地下与隧道工程技术、道路工程项目管理），有着许多的精品课程，例如《桥涵基础施工》是2010年的我院的省级精品课程，由我系徐秀华老师申报并获得批准，一直以来，它都在交通土建类各专业的培养方案中占重要地位，与其他课程相比，本课程更具有工学结合教学的可实施性，在离校较近的范围内，有着较多的施工工地，为现场教学及实习提供了有利条件。因此建筑工程系为培养土木与建筑工程类技术技能型的人才提供了一个良好的学习平台。
建筑工程系如今也是船政的一员大将，在许多方面取得了巨大的成就，也多次在全国举行的一些大型的比赛中荣获得奖项，例如：第二季福建省高校大学生学习马克思主义理论“一‘马’当先”知识竞赛高职高专组团体一等奖。
在2017年的上半学年，建工系宣传部也在校内积极的举办各项活动，例如书法大赛，书法大赛多个作品在院部赢得了校各领导的嘉奖。不仅在丰富校园文化生活，展现中国文化的博大精深，提高当代大学生的文化素养等方面起到了积极的作用，而且展现出了建工系浓厚的文化氛围与文化色彩。
建筑工程系不仅注重学生的精神文化方面的培养，同样也注重学生的道德文化素养，例如我系经常在周末举办志愿者活动。
建筑工程系在4月10日组织学生到盲校给盲生带去一些温暖，给他们一些精神上的慰藉，一个人最重要的就是眼睛，当他失去了看世界的能力的时候，他最需要的就是一双带他们看世界的手，就在此刻，我们系的学生给他们带去了光明，帮助他们重新认知了这个世界。在此次志愿者活动中，学生们不仅帮助了他人，自己也领会到了更深层次的人生意义。
海滨邹鲁忆峥嵘，丝绸海上望愿景。新时期，福建船政交通职业学院建筑工程系将勇担历史使命，砥砺奋发，努力探索中国特色的高职教育发展之路，为实现国家战略和服务区域社会经济发展再立新功，再铸辉煌。