福建船政局是洋务运动的产物。它是我国引进的西方大工厂制的一家造船企业。大工厂制的机器生产，完全不同于旧式的工场作坊，它要求有一套严密的管理制度来适应近代机器生产的需要。因此，在引进近代机器生产的同时，左宗棠、沈葆桢和洋监督日意格的接触过程中，也逐渐按照西方工厂制的要求，初步建立一套管理制度，使福建船政局成为中国十九世纪六十年代学习西方的一个重要窗口，成为洋务船政文化的重要组成部分。
一、管理制度规范化
质量管理 在19世纪，我国近代企业中，并没有建立一套独立的质量管理制度，它大多包含在行政管理和监督之中。虽然这样，船政局当时对质量也是有检查的。设计各类船舶时，也按一定的科学原理进行各种数据的测算。在设计时，对船身尺寸与载重量之间的关系都做了测算，均按“西法推求船身是否稳固灵捷”。一般地说，外国工人有一定经验，质量观念也较强，“选材必精，称有瑕疵，概换勿用”。对于蒸汽机也有质量标准要求：“工峻验试，能胜火力，不漏汤气，乃称完善”。如果试航出现故障，当事人则要受到处分。如工人在安装“龙威”号时，确定装轴托的中心点与原图纸略有出入，经验查得出结论，监造员竟得“摘顶”处分。这表明19世纪的船政局也抓了质量问题，也有基本测试仪器，也掌握了测试原理，只是没有如同现代质量管理体系的完备性和科学性。
试航时再加以测试。船舶试航时，先在坞前“升火试轮，以觇灵钝”，然后驶出海面，试轮机之坚脆、驾驶之巧拙。与此同时，有关船舰尺寸、马力大小、蒸汽型号、时速、排水量及蒸汽机转速、锅炉涨力等，都使用一定的仪器进行测验，以保证质量。
仓库管理 船政局设有广储所，储备材料之用。不过，由于木材占地很大，而且通常雇外国杉板船从国外运到马尾码头，积压如山。通常由运夫搬运上岸屯集，随即由工匠制造船身。来不及运上岸的则泊停江边。嗣后，为了避免木材枯朽，便于船坞之北一里外滨江浅港设储材厂，派兵看守。采办的钢、铁、煤，则存于广储厂，厂在坞外南侧。各厂需料，存有“用过工料细册”。每到春节工人度假，船政大臣则协同各厂委员将各料件“逐细盘点”。
财务管理 福建船政局是官办军事造船厂，经费属国家财政拨款。关于设厂、购买机器、雇募外国人员等所需经费，清政府准于闽海关税内提用，不敷则由闽浙总督提取本省厘税应用。
船政开办之初，海关拨解船政局的资金是暂时寄存于钱庄，以便随时提取。1876年开始在船政衙门盖“银库”。这时所有银两即存入本厂的银库。向外国购买原材料，所需款则由洋商银号汇兑。
工料的核算由工程处负责。建厂初期由日意格及黄维煊等人策划。由于对基建工料估价不足，原计划300万两，实际支出高达500万两。不管是什么原因，不能否认当时的洋务人员对管理还是缺乏经验的。由于是官办企业，其开支很难按近代工业管理的规律运行。从生产实际看，每船成本大致是“工三料七”，料有一定之价值，工则视成船之迟速以为费省。由于外国镑价增昂，折合款银均较昔时为贵，全靠工价减省。当时船政大臣不是靠缩短造船周围降低成本，而是依靠低廉工资来维持生产。所有这些工料费都“按图测估”。
后期，造新式巨舰，成本估算也相应增加。如杜业尔估算，造鱼雷快舰两艘，除采购物料39万法郎外，三年内每年至少要50万两。其中，采购料款按月均算约86000法郎。洋员、员绅等工资伙食，及铜铁等杂料，每月需银5万两，合计每年约60万两。“迭与提调及支应处通盘核算”。可见船政局造船都有大体的成本核算，但核算不细。
船政局有两个机构直接与财务管理发生关系，即支应处和报销处。支应处，主管全厂收支和给予事项；报销处处理核算和报销事项。一般每处设两名委员。
这些部门最重要的是执行中央户部财务制度的有关规定。户部于1882年12月之前，关于军需善后报销事项，各省报销原用“开单”报销或“造册”报销均可。由于购件名目不一，耗费尤多，既无定例可循，部中无凭稽核。1883年后户部规定，“概令一律造册报销”，即必须预先细开项目价格才准于报销。
船政局关于财务收支事先造册备案一项，基本上是执行的。由于常年经费是根据闽海关实际拨款多少而定。拨款充足则工程快而支出多，拨款不足则工程慢而支出也少，“量入为出”。因此，船政局经常提不出收入数目备案。至于添置机器设备的支出，船政局一般均照章办理预先备案，向户部“照章声明”。财务制度还规定，报销造册，还必须指明请制者何人、承领者何人，确凿有据，方能归款造销。支应处、报销处造册先呈报船政大臣，经履核“无异”，即可汇案报户部。20世纪后，还必须同时报外交部、兵部、工部核销。
但由于近代企业生产的复杂性，加上当时缺乏如同现代的会计科学知识，因此，还做不到户部所要求的“厂归各厂，船归各船，工归各工，料归各料”的分类造册造销，只能将用款“大数”，造成简明清单报销，据说当时运用数十名人员记帐造报，采用流水帐的记帐法开具一式四份清单向户部、工部、兵部报销，向外采购的物料，还须“原订合同清单一并检送”户部。
1883年后，户部做了新的规定，以后各省机器局报销，一律“造册”，不准只有“开单”。所谓“开单”，只是在报表上将工料费、洋员薪工、本国职工薪工、杂支、修造费、基建费（建厂费）按流水帐开列，既无各项工资、料件价格，也未报人数多寡，现在则要求造“细册”。新章程要求将兵士员弁名数与口粮实数的增减、收支数目，即全厂各类人员开列姓名、人数、每人薪工额、时间起止以据何章程发放，一一造册在案。要求有“四柱清单”、“支款细册”、“运脚数目”、“工料细册”，一式四份上报，分别送户部、兵部、工部复核。此外，购买物料还须有“价单、发票”。
事先立案，要求开支与预算相符，作为一个近代工厂在操作上确有不少困难。因为质量高的材料价格贵，而且料件因供求不一，也时有涨价。船政大臣列举了各种情况，说明经费支出不能完全与预算一致。特别是进口材料，中外比价不一，更难预定开支。因此，船政大臣认为嘉庆年间的各种料件价格，绝不适合今日之价格而作为报销根据。同样，预计报表与将来实际报销也不可能一样，所以，船政大臣要求用款改造细册后，仍准予“实支实报”。
二、工资制度的近代化。
船政局进行的是大机器工业生产，实行工资制。初期是封建员绅行使管理权，工资制度十分复杂，工资待遇有较大的差别。但就性质而言，它与封建的薪俸制已有所不同，应当属于资本主义性质的工资制。
行政管理人员工资。这部分人基本上是从封建官僚机构剥离下来的，基本工资按封建的品秩高低而定，而且“各员绅当札委之始，薪水视其官价，告假者按日扣除”。品级越高，工资越多，最高（指道员）为最低的八倍，工资越高则级差越大，同级内武职工资仅有文职工资额的一半。这都与封建政权的薪俸制无多大差别。但船政局实行的工资制，毕竟是一个近代工厂制之下的工资制，因而有其特点。首先，高工资仅限于船政大臣一人，其他人年俸均在480两以下，并且规定：“月支薪水总不过五十两，以示限制”；其次，洋务派已认识到船政官员“非奉行文书承办胥吏寻常事件”所以定薪基本原则为“通晓西学及造船一切西法，即员数稍多，薪水概从优厚”。所以，同一级别，船政官员比之封建政权机构中的官员薪水远为优厚，约高至三倍左右。
与此同时，船政局对这部分人员还实行津贴制。船政大臣裴荫森称：“入局之员，别无调剂，薪水不足，孰效驱驰。入局之绅，各有本图，薪水无多，乌能维絷。”由于这种原因，创办伊始，这部分人员除基本工资之外，还增加“津贴”。这种津贴，“惟视其差使之重轻，不专论品职之大小”。这个原则，裴荫森在奏折里有更具体说明：“员绅当札委之始，薪水视其官价，津贴则视责任之重轻，厂务之繁简以为区别。”
可以看出，船政局工资制度，已不同于封建薪俸制。它低于同类工厂一般技术工人的工资，如江南制造局最高工资是铸铜工人，每月18.9两，最低为轮船车间工人，每月7两，船政局最高工人工资额略高于后者，但低于前者。船政局工人工资又高于封建性的航运机构工人的工资。如江南筹防搬运工人每月工资收入仅3两或2.4两，江南运船工人每月工资3两，均低于船政局工人工资。船政大臣裴荫森认为，“挖土、刮土、装木各船匠工，尤非运船民夫可比”，因为前者为技术工，后者为旧式工人。他还认识到：“船政为创办之局，本无例案可循，一切支数，碍难援照他省章程，亦非他省寻常工程所得援引”。船政局虽然是军用工厂，但它雇佣工人不得不受社会工资水平的制约，不能任意制定低于社会工资水平的工资标准。如木排工在福州较之其他工种工人的工资高，因此，船政局雇用木排工，也不能低于民间私人雇用工资水平。裴荫森指出：“闽省本有此项工作之人佣于商而受其值。闽中木商最旺，故受值常丰。佣于商者月辛此数，佣于官者势不能减其数而强使供差。且事在必需，所以创办之初，即照民间工资以相招募。”这条重要材料说明，船政局尽管是官营军工，但就其雇佣劳动而言，同样要受雇佣劳动市场供求规律的制约，不能用行政命令强迫工人就雇。这说明船政局的工资制度已带有资本主义色彩。
本国人员奖励，是按各省局务之例，每两年请奖一次。①不过，由于各种原因，船政局并未严格执行。1875年，船政局的本国人员第一次受奖。。受奖人员包括在厂员绅、学生和在船的管驾、管轮，总计237名。奖励办法，主要是晋级，或外放补用实职。
三、管理人员的专业化和知识化
船政初期，经理全厂事务、调度工程者称办公所，为洋监督办公之地。1879年11月留欧学生魏瀚等回厂工作，相应地将办公所改称工程处，由留学生任总司（相当总工程师）。船政另一职务称总监工，负责总核工料。1880年12月，总监工王葆辰“自行辞退”，从此不设总监工一职，职能归于工程处。