轮机工程系目前开设的专业有 “轮机工程技术”、“船舶工程技术”、“船舶机械工程技术”、“制冷与空调技术”四个专业。其中“轮机工程技术”是首批国家示范性高职院校重点建设专业，“船舶工程技术”被教育部确认为提升专业服务能力建设专业。
一、人才培养模式与课程体系改革特色鲜明
秉承与坚持船政学堂“前厂后堂”的办学理念，探索不同专业背景下“多证融通，校企融合，工学结合”的人才培养模式，跟踪国际、国内海运业、造船业的发展，实现专业与产业对接、课程内容与职业标准对接、教学过程与生产过程对接、学历证书与职业资格证书对接，将“船舶搬到学校”，将“课堂搬到船上”，从而实现人才培养过程的实境训教，实现毕业与就业“无缝对接”。
1、2012年轮机工程技术专业与南通航运职业技术学院联合，成功申报教育部“高等职业教育轮机工程技术专业教学资源库”建设项目。
2、2012年船舶工程技术专业成功申报中央财政“支持高等职业学校提升专业服务能力”建设项目。
3、拥有四门省级精品课程：船舶辅机、船舶结构与设备、轮机自动化和船舶结构与制图、轮机英语省级精品在线开放课程等。
二、优秀的教学团队
1、“轮机工程技术”专业是首批国家示范性高职院校重点建设专业，2009年通过教育部、财政部的验收。
2、2011年轮机工程技术专业教学团队荣获福建省级教学团队。
3、根据“校企互通、专兼结合、动态组合”的原则，通过培养、引进、聘用等途径，重点加强专业带头人、骨干教师和兼职教师队伍的建设，聘请有较高技术水平的轮机长、高级工程师参与实操技能课程的教学。形成一支专兼职比例达1：1，双师素质比例达85%的高水平专业教学团队。
4、“职业教育轮机工程技术专业教学资源库建设与实践” 2017年获福建省教学成果奖特等奖，2018年获国家教学成果二等奖。
5、全国航海职教集团轮机工程技术专业委员会副主任单位。
三、一流的场地设施设备
各类室内实训场地建筑面积5000平方米，室外实训场地面积10000平方米。建有大型轮机模拟器实训中心、自动化机舱实训中心、船舶主辅机拆装实训中心、福船工艺制作室和船舶机电实训室等各类实训室20多个，拥有 “船政”轮水上实训基地，设施设备总值2000多万。场地设施设备满足《1978年海员培训、发证和值班标准国际公约》2010修正案及《中华人民共和国船员培训管理规则》等相关规定，实现了将“船舶搬到学校”的目标。
四、获国家海事局批准开展职业适任资格培训和岗位专业技能培训的项目
轮机长、大管轮、三管轮、高级值班机工、值班机工、海船船员基本安全、精通救生艇筏和救助艇、高级消防、船舶保安、油船和化学品船货物操作基本培训、油船货物操作高级培训和机舱资源管理等培训项目。