船政办学的体制是很独特的，用现在的观点来考察它，确有着许多鲜明的特点；但放在当时的历史背景下去考察，却是很自然的。归结到一点，这种办学体制的产生就是客观的需要和条件的限制：由于当时创办新式学堂是开风气之先的，国内并无先例可循，有的只是科举那一套教育制度；而国外的教育模式虽然已引进，但又不敢全盘照搬照抄；与此同时，培养人才、整顿水师、造船造炮，又系当务之急、百年大计。因此在左宗棠、沈葆桢和日意格、德克碑的共同策划下，一个引进来又改造过的船政办学体制就在中国的大地上诞生了。这种船政办学体制，我认为有三个特点。
一、工学紧密结合的厂校合一体制
马尾船政实行的是工学紧密结合的厂校合一体制。船政衙门同时创办船厂与学堂，但既不是厂办学校，也不是校办工厂，更不是厂校联合或合作。其在规划统筹上难解难分：监督既管学堂，又管工厂；教习既是教师，又是工程师；学生既学习，又参加劳动，承担生产任务。这种厂校一体的办学体制，是产学研结合的一种高级形式，比现时所提倡推行的产学研联合体或厂校挂钩合作之类，更能体现教育与生产劳动的紧密结合，也更符合高等职业技术教育的特点。
由于是厂校一体，各个专业都能根据各自的特点安排大量的实习：如制造学堂的造机专业有蒸汽机制造实习课，造船专业有船体建造实习课。而且每门学习课每天要进行数小时的体力劳动。例如，设计专业，三年学习期间，有八个月的工厂实习；管轮专业，先在岸上练习发动机装配，再到新建轮船上安装各种机器；驾驶专业的学生，先以五年时间，在学堂中学习基础课程和航海知识，然后上“练船学堂”学习，用两年和更多的时间学习“一个船长所必须具备的理论与实际知识”的航海术以及海战、射击术和指挥。正由于教学与生产劳动紧密结合，船政学堂办了五年之后，制造学堂的学生已有独立制作、管理车间、指挥施工等能力。光绪元年（1875年）开工建造的十七号“艺新”轮船，就是由第一届毕业吴德章、汪乔年等设计监造的——此为“船政学堂学生放手自制之始”。此后建造的船舶绝大多数由毕业留校学生自行设计监造。驾驶专业学生，原定于五年内须达到能在近海航行的要求，而实际上他们早在“练船学堂”学习期间，就扬威日本远航南洋各国。船政学生毕业后，大都能胜任管驾、管轮、大副等职，成为中国近代的航海家和海军将领。
二、灵活配套、形式多样的办学体系
由于条件限制和客观需要，船政衙门在办学过程中形成了灵活配套、形式多样的办学体系。按现在的说法，是集普教、职教、成教于一炉，高级、中级、低级相结合。前后学堂引进西方教育模式，从专业设置、课程组织、教学水平和留学状况看，可以说船政学堂实行的是普通高等教育；如果要在普通高等教育中再分类的话，船政学堂也可归入高等工程教育。但从重视实践和动手能力和学生毕业后的技术水平看，船政把当时社会急需的高等工程技术人才作为主要培养目标，职业性、针对性很强，也可以归入高等职业技术教育。船政还设立绘画学堂，即绘事院，培养测绘技术人员。从培养目标和课程设置看，实行的是中等职业技术教育。艺圃，又称学徒学堂，后分为学徒学堂和匠首学堂，培养技工和监工，重点是对造船厂的工人实行半工半读的技工教育。这更多的是一种针对成人的非全日制教育。船政的系列学校还承担了许多在职培训任务。因此，可以说她是集普通教育、职业教育、成人教育于一炉，高级、中级、低级相结合的，全制与非全日制并举，集多元教育于一体的院落校。
三、与留学深造相结合的培养模式
同治十一年（1872年）容闳带领第一批幼童留美，这是中国政府正式派遣的第一批留学生。但幼童留美并未完成预定计划，其目的也不够明确、不够具体，实际上并不是成功的。从中西文化交流的实质性成效及高等学府选派和建立留学生教育制度看，真正建立起中国留学教育制度的基本模式并沿袭下来的其实是船政学堂。
沈葆桢认为洋人来华教习未必是“上上之技”，“以中国已成之技求外国益精之学”必然事半功倍。他认为“窥其精微之奥，宜置之庄岳之间”。“庄岳之间”即齐国，这是孟子的话，意思是要学好齐国，就要到齐国去。正是这种指导思想，船政学堂建立了留学制度，由日意格制定留学章程和教学计划，并聘请他为洋监督，李凤苞为华监督。对比留美幼童，船政学堂留学生多为成年人，并经过船政学堂系统的专业学习。而且有着切实可行的学习目的和留学计划：确定学制三年，其中有一年见习，有四个月到各地参观、考察，得以理论联系实际。前后各学堂均有选送。由华、洋两监督共同管理，学生每三月一考，三年学期满前三个月最终考试。各专业学生除个别外都按对口专业到有关高校学习。例如，制造专业的学生到我朗官厂、削浦官学、汕答佃国立矿务学院、巴黎国立高级矿务学院等地学习；驾驶专业的学生到英国海军学校、格林尼治皇家海军学院、抱士穆德大学院等学习。此外，还坚持中国之心思通外国之技巧的原则，要求留学生于闲暇时兼学史鉴等书，并由华监督定期孝华文论说，以其明体达用。晚清40多年，船政学堂共毕业学生510名（连同民国初期毕业的共629名），选送出国留学生4批及零星派出共111人。他们分赴法、英、德、美、比、西、日等国。学习的专业主要有造船、航海、飞机、潜艇、枪炮、鱼雷、矿冶、机械、无线电、天文等，船政留学除因病身故未卒业者，均如数归国效力。学成回国的，多成为我国科技力量的主要骨干，为国家将来驱策。典型的代表有启蒙思想家严复，外交家罗丰禄、陈季同，造船专家魏瀚、郑清濂，矿务专家林庆升、林日章，轮机专家陈兆翰、杨廉臣等。他们的影响之深，至今仍使福建的科技人才成为一道亮丽的风景线，仅中国科学院院士福建籍的就达40多名。应该说，船政学堂建立的这种留学生制度，是主动地、自觉地与本身的教学和整个人才培养需求紧密结合的。